История начинается в 1899 году, в период так называемой каучуковой революции, когда Акре был единственным регионом добычи латекса. Спасаясь от засухи, накрывшей северо-восточные регионы, Баштьяо (Джексон Антунес) с семьей приезжает в Акре в надежде на лучшее будущее. Семья Баштьяо – это жена Анжелина и двое детей, дочь Делзуите и сын Бенту. Оказавшись на каучуковой плантации Санта Рита, принадлежащей полковнику Фирмину (Жозе де Абреу), Баштьяо понимает, что процветание, о котором он мечтал, это иллюзия. Как и остальные рабочие, Баштьяо и его семья – в руках у полковника, который монополизирует продукцию, контролирует расходы и диктует цены. Рабочие обязаны продавать добываемый латекс хозяину плантации. Баштьяо ненавидит полковника Фирмину. При помощи отца Жозе (Антониу Каллони) он и другие рабочие начинают бороться за свои права.

Проходят годы. Дочь Баштьяо Делзуите (Джованна Антонелли) выросла и стала красивой девушкой, в нее влюбляется рабочий, собирающий каучук, Вириату и просит ее руки. Делзуите принимает его предложение в надежде, что брак улучшит ее жизнь. Однако в ее жизни уже был мужчина, который изменил ее судьбу. Им был старший сын Фирмину - Тавиньу, она влюбилась в него так, что потеряла голову и не поняла, что несмотря на клятвы в любви и обещания, серьезных намерений у него нет.

В это время брат Делзуите, Бенту (Эмилиу Орсиоллу Нету) заводит дружбу с младшим сыном Фирмину – Аугусту. Бенту и Аугусту относятся к тем немногим персонажам, которые действуют во всех трех фазах сериала. Бенту думает, что когда Аугусту станет хозяином земель отца, он изменит отношение к рабочим. Но время покажет, что его надежды напрасны и положит конец старой искренней дружбе.

В Манаус прибывает испанец Луиз Галвез (Жозе Вилкер), любимец дам. Он встречается со своей старой знакомой, амбициозной и красивой влюбленной в него куртизанкой Лолой (Вера Фишер). Галвез и Лола открывают ночное заведение, которое становится местом времяпрепровождения полковников – владельцев каучуковых зарослей. В кабаре Галвез узнает, что Боливия собирается сдать в аренду область Акре англо-американскому консорциуму. Он решает организовать движение за завоевание Акре. Среди соратников Галвеза в деле завоевания независимости Акре - Жозе де Карвальу (Жука де Оливейра), друг и адвокат полковника Фирмину.

У соблазнителя Галвеза много женщин. До Манауса у него была история, плохо закончившаяся, с Беатриз (Дебора Блок). Симпатичная, полная жизни молодая женщина Беатриз жила в Рио-де-Жанейро с мужем Гомесом (Паулу Бетти). Поверив Галвезу, решила бежать с ним, но он не выполнил обещание и уехал в Манаус один. Отвергнутая мужем и брошенная любовником, Беатриз едет вслед за Галвезом в Манаус. А Галвез, погуляв с Лолой, уже влюбился в танцовщицу, выступающую в его кабаре, испанку Марию Алонсо (Кристиане Торлоне). Мария Алонсо наступает на те же грабли, что и Беатриз: не сопротивляясь обаянию Галвеза, порывает со своим мужем Джанни (Озмар Праду) и бросает работу, чтобы быть с ним. Когда Галвез едет бороться за независимость Акре, Мария Алонсо раскаивается, что бросила мужа, просит у Джанни прощения, и он ее принимает. А Беатриз не может забыть Галвеза и все три фазы сериала страдает по нему.

У Фирмину есть жена Жулия – которая доводится Беатриз сестрой, и еще в него влюблена танцовщица из кабаре Лолы, Жустина, которая забеременела от него. Фирмину кладет новорожденного мальчика в корзинку перед своим домом, чтобы Жулия, увидев подкидыша, расчувствовалась и усыновила его. Жулия знает, что это ребенок Жустины от ее мужа, но решает воспитать его, отдав ему свою материнскую любовь. Леандру (Дан Стулбах) вырос как брат Тавиньу и Аугусту. В определенный момент Жулия принимает отвар ядовитой травы и умирает. Беатриз думает, что после смерти сестры она выйдет замуж за Фирмину, но к ее возмущению, свояк женится на Жустине.

Обстановка в штате Акре накаляется. Несмотря на то, что это боливийская территория, она населена мигрировавшими ради каучукового промысла бразильцами. Боливия решает возвратить себе де-факто свой регион, имея виды на прибыль от добычи каучука, и бразильское правительство не противится этому. Согласно Пакту Аиякучи, регион переходит к Боливии. Рабочие, возглавляемые Галвезом, сопротивляются боливийской оккупации. 14 июля провозглашается независимость штата Акре. Галвез провозглашается президентом новой страны, у которой есть свой собственный флаг и гимн. Со временем Галвез начинает вызывать недовольство каучукопромышленников из-за налогов, введенных новым правительством. Гавлез был свергнут каучукопромышленником Антониу де Соузой Брагой, но он не смог удержать власть и вернул бразды Галвезу. Правительство Бразилии, опасаясь, что невыполнение условий пакта подвергнет риску международные отношения, угрожает новому государству войной. Галвез оказывается смещенным, и Бразилия возвращает Акре Боливии. Больной малярией Галвез едет в Белен, откуда вскоре уезжает в Испанию.

Экс-губернатор Акре Рамальу Жуниор (Клаудиу Марзу) снаряжает так называемую экспедицию поэтов, возглавляемую Орланду Лопесом (Тарсизиу Фильу) при поддержке Родригу де Карвальу (Вернер Шунеман), чтобы изгнать боливийцев и вернуть себе Акре. Однако мятеж подавлен. В это время друг Орланду, Пласиду ди Кастру (Алешандре Боржес), молодой военный с юга Бразилии, решает попытать счастье на севере страны, устанавливая границы каучуковых зарослей в Амазонии (области бассейна Амазонки). Орланду приглашает Пласиду ди Кастру возглавить новый поход. Несмотря на молодость, Пласиду человек строгий и жесткий, военный по призванию. Он принимает приглашение и начинает преподавать военное искусство рабочим. Им, вооруженным большими ножами, удается разгромить боливийское войско. Достигнув города Шапури и обретя поддержку местного населения, Пласиду ди Кастру провозглашает независимость штата Акре и становится его губернатором. Ответное наступление Боливии подавлено. Бразильское правительство посылает в регион войска с намерением взять власть. Пласиду отказывается от борьбы против бразильской армии, распускает свое войско и уезжает в Рио-де-Жанейро. Нескоторое время спустя он возвращается в Акре, его назначают префектом, но ненадолго. В августе 1908 года Пласиду ди Кастру попадает в засаду и погибает. Несмотря на борьбу его семьи за справедливость, убийцы так и не понесли наказания.

Прошло четыре десятилетия. Вторая часть минисериала "Амазония" начинается в начале 1940х годов и показывает период спада производства каучука. Сюжетные линии этой фазы сериала - вымышленные. С появлением каучуковых плантаций в Малайзии Бразилия потеряла лидерство и лишь наблюдает за падением цен на каучук на мировых рынках. К этому времени богатство всех звеньев производства резины распределяется крайне неравномерно, что приводит к еще большему имущественному расслоению между правящим классом и рабочими.

Полковник Фирмину умер. Когда умирает и Тавиньу в Европе, забота о бизнесе отца ложится на плечи Аугусту (Умберту Мартинс). К разочарованию Бенту, Аугусту становится таким же авторитарным и несправедливым патроном, каким был его отец. У Аугусту намечена свадьба с Ризолетой (Жулия Леммерц), что не мешает его связи с женой Тибуртину, Аналией (Летисия Спиллер). Леандру не нравится такое отношение брата к Ризолете, в которую он сам влюблен. Честный и благородный Леандру не согласен с братом по части обращения с рабочими. Леандру признается Ризолете в любви. Сначала она сопротивляется, но постепенно уступает его ухаживаниям. Боясь, что Аугусту их выследит, Леандру и Ризолета решаются бежать. Кто не заинтересован в сближении Леандру и Ризолеты, так это Беатриз (в этой фазе ее играет Ирене Раваше). Она опасается, что внебрачный сын Фирмину расстроит свадьбу ее племянника, так же как в свое время Жустина сорвала ее свадьбу с Фирмину. Беатриз и Жустина (в этой фазе ее играет Зезе Полесса) постоянно обмениваются колкостями и не скрывают своей ненависти друг к другу.

Еще один важный персонаж второй фазы сериала - Рамиру (Кайу Блат), сын Делзуите и Тавиньу. Рамиру думает, что он сын дельфина, такую историю рассказывала, когда была беременна, его мать, будучи брошенной не признавшим свое отцовство Тавиньу. Рамиру работает на каучуковой плантации Санта Рита. Он был счастлив с женой Сисой, пока однажды не приютил солдата Эралду, которому было негде жить. Однажды Рамиру возвращается домой и застает Эралду, пытающегося силой заключить Сису в объятия. В состоянии аффекта он убивает его и оказывается за решеткой.

Местре (учитель) Иринеу Серра (Милтон Гонсалвес) привозит в Рио Бранку айяуаску – напиток с психотропным эффектом, используемый в ритуалах, - и организует религиозную коммуну, известную в настоящее время как церковь Санто-Дайме. Местре Иринеу приходит на плантацию с просьбой от матушки Энтревады, у которой смолоду были парализованы ноги, после того как на нее напал ягуар. По прошествии лет у нее появились очень сильные боли. Матушке Энтреваде помогает внучка Ритинья. Внешне девушка очень похожа на свою мать, в которую в молодости был влюблен Бенту. Встретив Ритинью в зарослях, Бенту сконфужен похожестью девушки на его юношескую любовь. Однако Ритинья влюблена в Тоинью (Андре Артеше) и она не оставляет Бенту надежды. Бенту решает жениться на Карминье из семьи рабочих - сборщиков каучука. Вторая фаза сериала также показывает детство Шику Мендеса, третьего человека-символа в истории Акре.

Третья фаза истории происходит в 1980е годы. Она рассказывает о взрослых годах Шику Мендеса (Кассиу Габус Мендес). Обеспокоенный хищнической эксплуатацией амазонских лесов и тяжелым положением сборщиков каучука, Шику Мендес организует борьбу за перемены. Кроме истощения каучуковых деревьев, земли распродают местным фазендейро, которые вырубают их под пастбища. Вред региону также нанесло и строительство Трансамазонской магистрали. Шику Мендес объединяет рабочих и индейцев в широкий фронт, что вызывает протест у местных фазендейро. Путь "каучуковых полковников" со времен расцвета отрасли в конце XIX века и до ее упадка показан на примере Аугусту, которого в третьей фазе играет Франсиску Куоку.

Шику Мендес и Бенту (в третьей фазе - Лима Дуарте) большие друзья. Добрый честный Бенту женат на Карминье (в третьей фазе – Кристиана Оливейра), но он так и не забыл Ритинью, свою единственную настоящую любовь. При поддержке рабочих - сборщиков каучука Бенту и Шику Мендес сражаются против интересов местных фазендейро Тавареса (Паулу Гуларт), Дарли Алвеса и Бриту. Эти трое для устрашения рабочих убивают одного из активистов, Вилсона Пиньейру (Леонарду Медейрус).

Смерть товарища шокировала рабочих, но Шику Мендес не отказывается от борьбы. Он рассчитывает на поддержку двух влиятельных друзей – антрополога Мари Алегретти (Силвия Буарке) и английского кинорежиссера Адриана (Леополду Пашеку). Мари приезжает в Акре писать диссертацию о каучуковых джунглях и становится активной участницей борьбы рабочих. Вместе с Шику Мендесом она работает над проектом, включающим открытие школ и организацию кооператива. Адриан, увидев выступление Шику Мендеса в Бразилиа, решает снять фильм о нем. При поддержке этих двух друзей Шику Мендесу удается донести свои идеи до членов международной финансовой организации. Речь Шику Мендеса в Вашингтоне получает большой резонанс, у него берет интервью газета "Нью Йорк Таймс". Финансирование фермеров в Акре приостанавливается, что приводит их в возмущение. Таварес, Бриту и Дарли решают покончить с Шику Мендесом. Отныне Шику Мендесу приходится ходить с телохранителями.

За природоохранную деятельность Шику Мендес получает международные премии, его имя становится известным в мире. Его дело поддерживают падре Клаудиу, журналист Элсон Мартинс и другие. Падре Клаудиу защищает действия Шику Мендеса в своих проповедях и так же становится врагом местных фермеров, что вынуждает его покинуть город. Клаудиу решает оставить монашеское служение во имя борьбы за сохранение Амазонии и поддержки Шику Мендеса. Журналист Элсон Мартинс сопровождает Шику Мендеса всю эпопею, с 1975 года до его гибели в 1988 году.